Задачами отдела являются:

• Организация работы по реализации программ по иммунопрофилактике, разработка перспективных планов и планов текущей работы;
• Осуществление систематического, планового контроля за деятельностью лечебных и иных учреждений в сфере иммунопрофилактики;
• Разработка и внедрение форм работы и рекомендации по усовершенствованию прививочного дела;
• Подготовка материалов на рассмотрение комитетов по иммунопрофилактике;
• Разработка методических указаний и рекомендаций для органов здравоохранения по вопросам иммунопрофилактике;
• Проведение организационно — методической работы с работниками ЛПО в плане подготовки и проведения семинаров, аттестации по вопросам иммунопрофилактики;

• Проведение анализа выполнения плана проф.прививок в разрезе ЦСМ и в целом по городу;
• Прием возрастного    состава    населения    по    обслуживаемому территорию  и  перспективного  плана  проф.прививок  от ЦСМ  и составление   обобщенного   перспективного   плана   и   заявка   на бакпрепараты в РЦИ и ДПЗиГСЭН МЗ КР;
• Проведение семинаров по действующим приказам (на общеполиклинических конференциях) и по всем ЛПО на базе ЦГСЭН;
• Оказание консультативной помощи директорам ЦСМ по вопросам иммунопрофилактики и управляемым инфекциям;
• Проверка иммунологической работы по ЛПО г Бишкек.