Бөлүмүнүн негизги милдеттери болуп төмөнкүлөр саналат:

• Эмдөө программаларынын ишке ашырууу,жүргүзүлүп жаткан иштер боюнча узак мөөнөттуү пландарды иштеп чыгуу;
• Медициналык жана эмдөө жургузүлгөн мекемелдерде системалдуу түрдө,пландаштыштырылган көзөмөл жүргүзүү;
• Эмдөө иштерин жакшыртуу максаттында сунуштарды иштеп чыгуу жана ларды ишке киргизүү;
• Эмдөө комитеттеринде каралуучу материалдарды даярдоо; 
• Эмдөө суроолору боюнча саламаттыкты сактоо кызматкерлерине усулдук сунуштарды иштеп чыгуу;
• Медициналык уюмдар менен биргеликте медициналык кызматкерлерге семинар,эмдөө суроолору боюнча аттестацияларды уюштуруу жана өткөрүү;

• Үй-бүлөлүк медициналык жана Бишкек шаарында жүргүзүүлүчу алдын алуу эмдөөлөрүнун өткөрүлүшүн анализдөө;
• Калктын жаш курагы боюнча үй-бүлөлүк дарыгерлер менен биргеликте узак мөөнөттөгү пландарды иштеп чыгып, Республикалык эмдөө борборуна бак.препараттарга буйуртмаларды беришет;
• БшМСЭКбнын базасында азыркы тапта колдонулуп жаткан буйруктардын негизинде медициналык алдын алуу мекемелерине семинарларды өткөрүү;
• Үй-бүлөлүк медициналык борборлорунун башчыларына башкарууга боло турган инфекцияларды эмдөө боюнча кеңештерди берүү;
•  Медициналык алдын алуу мекемелериндеги эмдөө иштерин көзөмөлдөө;