Сотрудниками отдела разрабатываются мероприятия и предложения по улучшению организации и постановки дезинфекционного дела на обслуживаемой территории. Осуществляется эвакуация инфекционных больных и лиц подозрительных на инфекционное заболевание в лечебные учреждения, а также лиц из очагов инфекции в целях их изоляции или проведения санитарной обработки. Проводится контроль (технический, лабораторный) за качеством работы дезинфекционных установок и автоклавов в ЛПО, а также за пользованием дезинфицирующих средств.

Отдел оказывается консультативная помощь по внедрению и по применению общедоступных средств дезинфекции, дезинсекции и дератизации.

Отдел очаговой и профилактической дезинфекции является практической базой для студентов факультета медико-профилактического дела медицинского колледжа г. Бишкек и слушателей курсов переподготовки и повышения квалификации Кыргызского Государственного медицинского института переподготовки и повышения квалификации.