Основные направления работы отделения: текущий санитарный надзор на промышленных предприятиях города, объекты малого и среднего бизнеса, предупреждение и снижение общей и профессиональной заболеваемости связанной с воздействием физических и химических факторов производства, загрязнения  внешней среды, а также аттестация рабочих мест.

Отделом проводится ежегодная подготовительная работа по организации периодических профилактических осмотров совместно с  Центрами семейной медицины (ЦСМ),  организациями и предприятиями, при которой определяется контингент и составляется поименный список лиц, подлежащих периодическим медицинским осмотрам с указанием участков, цехов, производств, вредных или опасных производственных факторов, оказывающих воздействие на работников.