Бөлүмдүн негизги милдеттери:

• суу менен камсыздоо, дарылоо-профилактикалык мекемелер, коммуналдык кызматтар, билим берүү, маданият, эс алуу жана спорт мекемелерине көзөмөлдү уюштуруу жана жүзөгө ашыруу;
• борборлоштурулган ичүүчү суу менен камсыздоо тутумундагы суунун сапатына гигиеналык баа берүү, эл жашаган жерлерде суунун сапатын контролдоо;
• калктуу пункттарды жакшыртууга жана тазалоого санитардык-эпидемиологиялык көзөмөл;
• калктын санитардык-эпидемиологиялык жыргалчылыгы боюнча жарандардын жана юридикалык жактардын кайрылууларын кароо;
• көзөмөлдөнгөн объектилердеги өндүрүштү контролдоо жана лабораториялык маалыматтарды талдоо.